負壓稱量室采用垂直單向流的氣流形式，進風先要通過初效過濾器及中效過濾器的預過濾，將氣流中的大顆粒粉塵粒子處理掉，初步凈化空氣以起到保護風機和高效過濾器的作用，經過預處理后的空氣再通過高效過濾器,大大增強了過濾效果。通過下沉降式低壓氣流均流于操作區域，產生一個潔凈無菌的局部環境。
負壓稱量室操作規程中另外一部分風通過頂部側面的高效過濾器，使罩內部微負壓，從而避免粉塵的外泄引起的不同藥品之間的交叉污染。設備的氣流對所在房間而言是自循環，負壓稱量室的運行/停止均不會對房間壓差產生影響。通過氣流組織確認，設備內的氣流不會流向設備外部。
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